BIOINFORMÁTICA
EN ENFERMEDADES INFECCIOSAS
¿Quiénes somos?
Somos un departamento de apoyo dentro del CISEI. Nuestro objetivo es desarrollar investigación en enfermedades infecciosas mediante el uso de bioinformática proporcionando apoyo transversal y especializado para investigadores y estudiantes del Centro de Investigación Sobre Enfermedades Infecciosas-INSP.
Asesorías
Brindamos asesoría mediante la planeación de experimentos de secuenciación masiva y el análisis de datos mediante la bioinformática.
Capacitaciones
Tenemos como objetivo contribuir a la formación de recursos humanos mediante impartición de clases, conferencias,seminarios, cursos de actualización y dirección de tesis.
Colaboraciones
Artículos, análisis y cursos. Para más información: información de contacto
Sobre nosotros
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Análisis de datos
Analizamos datos procedentes de cualquier tecnología genómica. - Microarrays. - Secuenciación masiva. - Proteómica y trascriptómica (RNASeq).
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Infraestructura computacional
Contamos con: - Servidores dedicados al procesamiento de análisis de datos. - Servidor dedicado al almacenamiento. - Sistema de Colas para gestion de recursos y proceso de tareas.
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Docencia
Además de asesorias el depto participa/organiza cursos cómo: - Unidad didáctica de bioinformática y proteómica (Maestría en C.)
- Análisis de datos de ciencias genómicas usando R (PASPE).
- Metagenómica funcional (CIBNOR).
- Herramientas bioinformáticas(IBt-UNAM).
- Introducción a LINUX.
- Sistema de Colas Sun Grid Engine.
Servicios de análisis
El departamento de Bioinformática en Enfermedades Infecciosas ofrece los siguientes análisis:
Análisis Primario
Generamos un análisis de calidad de las secuencias y en caso de requerirse limpieza por adaptadores.
Alineamiento vs genoma de referencia
Alineamos contra el genoma de referencia indicado por el usuario.
Ensamble de genoma con referencia
Ensamble con genoma de referencia (SPADES,bowtie,bedtools,trinotate,bakta,blast y otros).
Análisis de expresión diferencial
Análisis de expresión diferencial (se recomienda tener al menos 3 replicas por muestra).
Proyectos, Cursos y Colaboraciones
ImmunediveRsity
Evaluación del repertorio de anticuerpos mediante el análisis de datos HTS.
Uno de los proyectos del cuál nos sentimos muy orgullosos es ImmunediveRsity, el cuál es un software para la manipulación y procesamiento de lecturas HTS para identificar el uso de VDJ y el origen clonal para obtener información sobre el repertorio de anticuerpos de un organismo determinado. Para más información sobre el proyecto y descarga visita: BitBucket: ImmunediveRsity Reconstructing and mining the B cell repertoire with ImmunediveRsity
Algunos de nuestros cursos
Uno de nuestros objetivos es contribuir a la formación de recursos humanos en bioinformática a tráves de cursos y capacitaciones accesibles para todos los y las estudiantes del INSP.
Metagenómica funcional Unidad didáctica de bioinformática y proteómica Análisis de datos de ciencias genómicas usando R Introducción a Linux Sistema de colas SGE
Tesis guiadas
Tesis guiadas
Tesis guiadas
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Personal
El departamento de bioinformática en enfermedades infecciosas se encuentra conformado por:
Dra. Elizabeth Ernestina Godoy Lozano
Jefa del Departamento de Bioinformática en Enfermedades Infecciosas-INSPSus áreas de investigación son: análisis del repertorio de anticuerpos en condiciones de salud, enfermedad y vacunación, la genómica comparativa de aislados clínicos de importancia en la salud pública, así como Metagenómica aplicada a enfermedades infecciosas.
Ing. Karla Leslie Matías Valdez
Encargada de cómputo de alto rendimiento del departamento de bioinformáticaÁreas de especialización: administración de servidores Linux, desarrollo web Java,PHP entre otros, desarrollo de scripts en Python, Bash.
Biol. Mariana Devon López
Estudiante de MaestríaMaestria en Ciencias, área de terminación en enfermedades infecciosas
Biol. Heidi Lizette Salazar Ugalde
Estudiante de MaestríaLic. en Biología Molecular, egresada de la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM).
Méd. Cir. Kevin Jacob Antonio Mendoza
Estudiante de MaestríaMédico Cirujano, egresado del Instituto Politécnico Nacional.
Biol. Nefte Meni Yañez Mendoza
Estudiante de Maestría en Ciencias Bioquímicas.
Preguntas Frecuentes
Si deseas contactarnos por alguna asesoría, colaboración,curso, guía de tesis o acceso a nuestros servidores te sugerimos contactarnos a tráves de nuestro correo electrónico o bien por vía telefónica (en un horario de 8:00- 17:00 hrs). Con gusto te atenderemos. bioinformatica.cisei@insp.mx
¿Cómo me puedo contactar con ustedes?
A tráves de nuestras líneas de contacto Teléfono: 7773293000 Ext. 2461 Correos: bioinformatica.cisei@insp.mx bioinformatica.cisei@gmail.com
¿Dónde se encuentran ubicados?
En la zona norte de Cuernavaca,Morelos; está ubicada la sede Cuernavaca del Instituto Nacional de Salud Pública, el departamento de bioinformática en enfermedades infecciosas se encuentra en la segunda planta del Centro de Investigaciones Sobre Enfermedades Infecciosas.Av. Universidad No. 655, Col. Santa María Ahuacatitlán,C.P. 62100,Cuernavaca, Morelos, México
¿Cómo puedo solicitar una asesoría?
En general, puedes contactarte con nosotros a tráves de nuestro correo electrónico bioinformatica.cisei@insp.mx . También puedes enviarnos tu solicitud a traves de nuestro formulario: Formulario de solicitudes
¿Cómo puedo tener acceso a los servidores?
Antes de solicitar una cuenta debes ponerte en contacto con el departamento para que podamos guiarte en el proceso de análisis de tus datos.
Una vez que sepamos de tus necesidades podemos crear una cuenta en el servidor que mejor se adapte a tu proyecto. Para información más detallada visita nuestra página: ¿Cómo solicitar una cuenta?¿Qué software esta disponible en sus servidores?
La lista de software instalado es extensa y por ahora tenemos varias servidores dedicados al análisis, algunos de nuestros software son instalados desde archivos binarios o ambientes conda; para ver un listado completo visita la páginas por servidor: Software Biocluster Software Honjo Software Steinman
¿Qué es la bioinformática?
La bioinformática es una disciplina científica que desarrolla software, bases de datos, algoritmos y métodos computacionales, que son incorporados en sistemas, flujos de trabajo y diversas estrategias de investigación con el objeto de estudiar y comprender los sistemas biológicos. La bioinformática ha tenido un impacto relevante en las ciencias biológicas, en particular en la investigación biomédica o medicina de precisión, mejorando el diagnóstico o la práctica clínica.
Artículos
Muchas de las colaboraciones del departamento o guía de tesis tienen como producto final artículos científicos. Aquí de mostramos algunos:
Characterization of immunoglobulin loci in the gigantic genome of Ambystoma mexicanum.
Martinez-Barnetche Jesús, Godoy-Lozano Elizabeth Ernestina, Saint Remy-Hernández Stephanie, Pacheco-Olvera Diana Laura, Téllez-Sosa Juan, Valdovinos-Torres Humberto, Pastelin-Palacios Rodolfo, Mena Horacio, Zambrano Luis, López-Macías Constantino. Front Immunolo. 2023;14.
Presence and Persistence of ESKAPEE Bacteria before and after Hospital Wastewater Treatment.
Galarde-López, M., Velazquez-Meza, M. E., Godoy-Lozano, E. E., Carrillo-Quiroz, B. A., Cornejo-Juárez, P., Sassoé-González, A., Ponce-de-León, A., Saturno-Hernández, P., & Alpuche-Aranda,
Description of the viral community in fecal content of common carp (Cyprinus carpio) living in a naturally preserved wetland on Mexican plateau.
Torres-Meza OA, Godoy-Lozano EE, Rico-Chávez O, Loza-Rubio E, García-Espinosa G.
Comparative analysis of the B cell receptor repertoire during relapse and remission in patients with multiple sclerosis.
Pérez-Saldívar M, Nakamura Y, Kiyotani K, Imoto S, Katayama K, Yamaguchi R, Miyano S, Martínez-Barnetche J, Godoy-Lozano EE, Ordoñez G, Sotelo J, González-Conchillos H, Martínez-Palomo A, Flores-Rivera J, Santos-Argumedo L, Sánchez-Salguero ES, Espinosa-Cantellano M.
Geography, Antimicrobial Resistance, and Genomics of Salmonella enterica (Serotypes Newport and Anatum) from Meat in Mexico (2021-2023).
Reynoso EC, Delgado-Suárez EJ, Hernández-Pérez CF, Chavarin-Pineda Y, Godoy-Lozano EE, Fierros-Zárate G, Aguilar-Vera OA, Castillo-Ramírez S, Gómez-Pedroso LDCS, Sánchez-Zamorano LM.
Galería de Fotos
Cursos, Congresos, Posters y Divulgación de la ciencia
Contacto
Para cualquier duda o comentario dejamos nuestra información, será un placer atenderle.
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